Nato il 20 marzo 1479 a Ferrara dal duca Ercole I e da Eleonora d’Aragona, fu uno degli spiriti più illustri del sedicesimo secolo. Aveva poco più di sette anni quando la zia Beatrice d’Aragona volle per lui la nomina di arcivescovo di Strigonia, consacrazione sospesa per volere del papa per la giovane età del duca estense. Nel 1493 fu nominato da Alessandro VI prima cardinale e poi, nel 1497, arcivescovo di Milano: nel governare questa chiesa si dimostrò tanto capace nelle attività spirituali quanto in quelle temporali che il duca Sforza volle affidargli anche il governo civile di quello Stato. Nel 1502, in occasione del matrimonio del fratello Alfonso con Lucrezia Borgia, si recò a Roma dove, più tardi, fu trattenuto dalla nomina di papa Giulio II che prima lo nominò vescovo di Ferrara ed in seguito, divenuto ostile agli estensi, mosse contro di loro una guerra durante la quale il cardinale si dimostrò anche esperto stratega, infatti, sia in questa che nella guerra contro i Veneziani, portò il ducato di Ferrara alla vittoria. Contro la Serenissima nella battaglia di Polesella, Ippolito d'Este, educato alla scuola di Mattia Corvino d'Ungheria, grande re guerriero, rivelò le sue doti di abile uomo d'armi: la Repubblica di Venezia, prima potenza d'Europa, fu sconfitta, i festeggiamenti durarono a lungo e l'Ariosto ricordò la battaglia in alcuni canti dell'Orlando Furioso.
Ritornato nella sua città natale, morì il 3 settembre 1520 e fu sepolto presso l’altare maggiore della Cattedrale dopo solenni esequie celebrate da Celio Calcagnini. Fu anche uomo di lettere, del quale si possiedono diversi manoscritti ed il suo nome fu esaltato dallo stesso Ariosto nell’Orlando furioso che il poeta compose durante la sua permanenza a corte e fu ultimato sotto gli auspici dello stesso Ippolito I.